Wie viele andere der großen Barockorgeln ist auch das Borgentreicher Instrument ursprünglich für eine Klosterkirche errichtet worden, die in diesem Landstrich dicht beieinander lagen. Da bislang kein Aktenstück gefunden werden konnte, welches über den Bau der Orgel Auskunft gibt, liegen die genaueren Umstände noch im dunkeln; um 1730 soll Johann-Patroclus Möller, einer der bedeutendsten der westfälischen Orgelbauerriege, dieses Werk für das ehemalige Kloster in Dalheim geschaffen haben.
Wenngleich sich in jüngster Zeit Zweifel an der Urheberschaft Möllers häufen, soll zum gegenwärtigen Zeitpunkt weiter von einer "Möller-Orgel" gesprochen werden. Als nach Aufhebung der Klöster deren Inventar entweder verschenkt oder verkauft wurde, ergriff der Borgentreicher Bürgermeister Ferdinand Stamm die Gelegenheit beim Schopfe und bemühte sich frühzeitig im Jahre 1803 um den Erwerb der Dalheimer Orgel.
Dieses historische Datum war der Beginn einer dauerhaften Bindung der Stadt an ihr berühmtes Instrument, wie auch an der Einrichtung des ersten Orgelmuseums in Deutschland zu sehen ist. Nach Abwicklung aller Formalitäten wurde das Instrument unter tatkräftiger Mithilfe der Borgentreicher Bürgerschaft von Dalheim in die Bördestadt transportiert, nach dem Abladen der kostbaren Fracht gab es Branntwein auf Kosten der Stadt.